Con la necesidad de crear un plantel educativo de régimen Costa en la capital el 8 de abril de 1986 se fundó el Liceo Naval Quito mediante acuerdo expedido por el Ministerio de Educación y Cultura. El objetivo de su creación fue el brindar a la ciudadanía y en especial, al personal naval, una formación íntegra para sus hijos. El plantel inició su período de clases en jornada matutina, en el barrio de la Vicentina. Años más tarde funcionó en el Convento de la tradicional Iglesia de Guápulo, fortaleciendo su prestigio a nivel provincial y nacional.En el año de 1991 la administración del plantel logró adquirir un local propio ubicado en el Valle de los Chillos, con un toque colonial, acogedor y dotado de amplias áreas verdes, estructurado con un conjunto de aulas de clase, lo cual facilitó a los educandos aprender en un ambiente de calidad. El 6 de agosto de 1996 la Dirección de Educación Provincial de Pichincha resuelve designar con el nombre de «César Endara Peñaherrera» a la Unidad Educativa Naval de Quito, en honor a uno de los hérores representativos de la Batalla de Jambelí y quien fuera Comandante General de la Marina en el año de 1949. El 5 de julio del 2001 y mediante resolución ministerial se autorizó el funcionamiento de la jornada Vespertina con Régimen Sierra.